Fin dal tempo in cui la Diocesi di Nardò era retta dagli Abati benedettini (sec. XI-XV) vi era nella città un «collegium» per la formazione dei giovani in cui venivano educati anche gli aspiranti al presbiterato. L’istituzione sopravvisse alla erezione della sede vescovile (1413) ma solo dopo il Concilio di Trento, sotto l’episcopato di Mons. De Franchis (1611-16) si prese a discutere della possibile erezione di un vero e proprio Seminario, fino a quando il 27 febbraio 1674 il vescovo Mons. Tommaso Brancaccio (1669-77) emise la bolla di costituzione del Seminario Diocesano sotto il titolo di San Filippo Neri. Il 15 settembre 1675 fecero ingresso i primi sei chierici di Nardò e della Diocesi nei locali attigui al Palazzo Vescovile di Nardò, prima sede della nuova Istituzione. Fino al 1908 il Seminario Diocesano si prese cura dell’intera formazione umanistica, filosofica, teologica e spirituale dei futuri presbiteri; poi con la erezione e l’apertura del Seminario Regionale Pugliese da parte di S. Pio X, al Seminario diocesano rimase unicamente la cura umanistica dei chierici che poi proseguivano formazione e studi filosofico-teologici presso la sede del nuovo Seminario maggiore.
Fu il Cardinale Corrado Ursi, allora vescovo di Nardò (1951-61), che nel 1960 diede avvio alla costruzione del nuovo complesso che avrebbe ospitato il Seminario minore, identificando come luogo idoneo quello adiacente alla chiesa extraurbana dei Frati minori in Nardò, comunemente detta dei Cappuccini. Il 21 novembre di quello stesso anno ebbero inizio i lavori che si protrassero durante l’episcopato di Mons. Antonio Rosario Mennonna (1962-83), che la inaugurò il 7 maggio 1964.
A seguito della unificazione delle due antiche diocesi di Nardò e Gallipoli (1986) anche i rispettivi seminari furono unificati: ciò avvenne con decreto vescovile del 6 gennaio 1988, a firma del primo vescovo della nuova diocesi di Nardò-Gallipoli mons. Aldo Garzia (1983-1994) che aveva precedentemente retto entrambe le ex-Diocesi sotto la sua stessa responsabilità.
Fu proprio mons. Garzia che volle realizzare un coraggioso intervento di ristrutturazione globale dell’edificio, che portò ad inaugurare l’attuale conformazione del Seminario l’8 dicembre 1993. Non si possono dimenticare i contributi formativi e le attenzioni che sia mons. Vittorio Fusco (1995-99) che poi mons. Domenico Caliandro (1999-2012) hanno offerto allo sviluppo e alla cura della Comunità del Seminario, in tutte le sue componenti.
Il 6 maggio 2014 il Seminario ha festeggiato il 50° anniversario dell’inaugurazione della nuova sede, sotto l’episcopato del vescovo Mons. Fernando Filograna e con il concorso di numerosi tra autorità religiose, civili, sacerdoti educatori ed ex alunni del Seminario.
Dall’Aprile 2020 il complesso del Seminario Diocesano è stato sottoposto ad un ampio intervento di ristrutturazione, dapprima con la Cappella Maggiore.
dal Settembre 2021 l’intera struttura interna ed esterna è ormai cantiere di lavoro per l’adeguamento degli ambienti.
La comunità del Seminario dal Settembre 2021 risiede presso “Oasi Tabor” – Cenate di Nardò.
